Class Mot

java.lang.Object
  |
  +--Mot

public class Mot

extends java.lang.Object

Classe permettant de manipuler des mots

See Also:

Lettre

Method Summary

void	aa(int i, int j, Mot y, Table t, TableDEtats e)
void	ajouterAuDebut(Lettre a) Ajoute la lettre en premiere position et decale les autres
Table	alignementLocal(Mot y)
Automate	alpParDefault()
Automate	aluComplet(Alphabet alphabet)
Automate	arbreSuffixes()
Automate	arbreSuffixesBis()
Automate	autoAlignOpt(Mot y, Table t)
Automate	autoSuffixes()
int[]	bonPrefixe()
int[]	bonSuffixe(int[] suff)
int[]	bords()
int	breche(Mot y, int g, int h)
int	calculGenerique(Mot y)
Table	calculGeneriqueBis(Mot y)
java.lang.Object	clone()
Mot	concat(Mot y)
boolean	contient(Lettre a) Teste si la lettre apparait dans le mot
int[]	derniereOccurrence(Alphabet alphabet) Calcule la table de dernière occurrence
Mot	getLettres(int i, int j)
int	getLongueur() Retourne la longueur du mot
Lettre[]	getMot() Retourne le tableau de lettres du mot
Automate	interdits(Automate sy, Alphabet alphabet)
void	la(int i, int j, Alignement z, Mot y, Table t)
java.util.Vector	laDeterministe(Automate automate)
java.util.Vector	laDeterministeParSuppleance(EnsembleDeMots x, Alphabet alphabet)
java.util.Vector	lDiffDiag(Mot x, int k)
java.util.Vector	lDiffDyn(Mot x, int k)
java.util.Vector	lDiffElag(Mot x, int k)
java.util.Vector	lDiffMotifCourt(Mot x, int k, Alphabet alphabet)
void	lesAlignements(Mot y, Table t)
java.util.Vector	lInegalites(Mot x, int k, File[] fg)
java.util.Vector	lInegMotifCourt(Mot x, int k, Alphabet alphabet)
int	llpc(Mot y)
java.util.Vector	lMotifCourt(Mot x, Alphabet alphabet)
java.util.Vector	localiserMotsCourts(EnsembleDeMots x, Alphabet alphabet)
java.util.Vector	localiserNaivement(Mot x) Recherche naive
java.util.Vector	localiserRapidement(Mot x, Alphabet alphabet) Appelle le calcul de la table de dernière occurrence et recherche rapide
java.util.Vector	localiserSelonPrefixe(Mot x, int[] pi)
int[]	longueurDesFacteurs(Automate sx)
java.util.Vector	lsPlusieursMemoiresFaible(Mot x, int[] suff, int[] bonSuff)
java.util.Vector	lsSansMemoireFaible(Mot x, int[] bonSuff)
java.util.Vector	lsSansMemoireFaibleLineaire(Mot x, int[] bonSuff)
java.util.Vector	lsUneMemoireFaible(Mot x, int[] bonSuff)
int[]	meilleurPrefixe()
int[]	prefixes()
File[]	preLInegalites(int k)
Couple	rechercheSimple(Mot[] liste)
Mot	smc(Mot y)
int[]	smcColonne(Mot y, int n)
int	smcSimple(Mot y)
Table	smcSimpleBis(Mot y)
int[]	suffixes()
java.lang.String	toString()
Alignement	unAlignement(Mot y, Table t)
Mot	unPlusLongSousMotCommun(Mot y, Table s)

Methods inherited from class java.lang.Object

equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

Method Detail

getMot

public Lettre[] getMot()

Retourne le tableau de lettres du mot

getLongueur

public int getLongueur()

Retourne la longueur du mot

toString

public java.lang.String toString()

Overrides:

toString in class java.lang.Object

clone

public java.lang.Object clone()

Overrides:

clone in class java.lang.Object

contient

public boolean contient(Lettre a)

Teste si la lettre apparait dans le mot

ajouterAuDebut

public void ajouterAuDebut(Lettre a)

Ajoute la lettre en premiere position et decale les autres

getLettres

public Mot getLettres(int i,
                      int j)

concat

public Mot concat(Mot y)

localiserNaivement

public java.util.Vector localiserNaivement(Mot x)

Recherche naive

Parameters:

x - le mot à rechercher

derniereOccurrence

public int[] derniereOccurrence(Alphabet alphabet)

Calcule la table de dernière occurrence

localiserRapidement

public java.util.Vector localiserRapidement(Mot x,
                                            Alphabet alphabet)

Appelle le calcul de la table de dernière occurrence et recherche rapide

localiserMotsCourts

public java.util.Vector localiserMotsCourts(EnsembleDeMots x,
                                            Alphabet alphabet)

bords

public int[] bords()

prefixes

public int[] prefixes()

bonPrefixe

public int[] bonPrefixe()

meilleurPrefixe

public int[] meilleurPrefixe()

localiserSelonPrefixe

public java.util.Vector localiserSelonPrefixe(Mot x,
                                              int[] pi)

aluComplet

public Automate aluComplet(Alphabet alphabet)

alpParDefault

public Automate alpParDefault()

laDeterministe

public java.util.Vector laDeterministe(Automate automate)

laDeterministeParSuppleance

public java.util.Vector laDeterministeParSuppleance(EnsembleDeMots x,
                                                    Alphabet alphabet)

suffixes

public int[] suffixes()

bonSuffixe

public int[] bonSuffixe(int[] suff)

lsSansMemoireFaible

public java.util.Vector lsSansMemoireFaible(Mot x,
                                            int[] bonSuff)

lsSansMemoireFaibleLineaire

public java.util.Vector lsSansMemoireFaibleLineaire(Mot x,
                                                    int[] bonSuff)

lsUneMemoireFaible

public java.util.Vector lsUneMemoireFaible(Mot x,
                                           int[] bonSuff)

lsPlusieursMemoiresFaible

public java.util.Vector lsPlusieursMemoiresFaible(Mot x,
                                                  int[] suff,
                                                  int[] bonSuff)

rechercheSimple

public Couple rechercheSimple(Mot[] liste)

llpc

public int llpc(Mot y)

arbreSuffixes

public Automate arbreSuffixes()

arbreSuffixesBis

public Automate arbreSuffixesBis()

autoSuffixes

public Automate autoSuffixes()

interdits

public Automate interdits(Automate sy,
                          Alphabet alphabet)

longueurDesFacteurs

public int[] longueurDesFacteurs(Automate sx)

calculGeneriqueBis

public Table calculGeneriqueBis(Mot y)

calculGenerique

public int calculGenerique(Mot y)

unAlignement

public Alignement unAlignement(Mot y,
                               Table t)

lesAlignements

public void lesAlignements(Mot y,
                           Table t)

la

public void la(int i,
               int j,
               Alignement z,
               Mot y,
               Table t)

autoAlignOpt

public Automate autoAlignOpt(Mot y,
                             Table t)

aa

public void aa(int i,
               int j,
               Mot y,
               Table t,
               TableDEtats e)

smcSimpleBis

public Table smcSimpleBis(Mot y)

smcSimple

public int smcSimple(Mot y)

unPlusLongSousMotCommun

public Mot unPlusLongSousMotCommun(Mot y,
                                   Table s)

smcColonne

public int[] smcColonne(Mot y,
                        int n)

smc

public Mot smc(Mot y)

breche

public int breche(Mot y,
                  int g,
                  int h)

alignementLocal

public Table alignementLocal(Mot y)

lDiffDyn

public java.util.Vector lDiffDyn(Mot x,
                                 int k)

lDiffElag

public java.util.Vector lDiffElag(Mot x,
                                  int k)

lDiffDiag

public java.util.Vector lDiffDiag(Mot x,
                                  int k)

lInegalites

public java.util.Vector lInegalites(Mot x,
                                    int k,
                                    File[] fg)

preLInegalites

public File[] preLInegalites(int k)

lMotifCourt

public java.util.Vector lMotifCourt(Mot x,
                                    Alphabet alphabet)

lInegMotifCourt

public java.util.Vector lInegMotifCourt(Mot x,
                                        int k,
                                        Alphabet alphabet)

lDiffMotifCourt

public java.util.Vector lDiffMotifCourt(Mot x,
                                        int k,
                                        Alphabet alphabet)