// un-alignement.c

// << Algorithmique du texte >>
// Maxime Crochemore, Christophe Hancart et Thierry Lecroq
// Vuibert, 2001.

#include <stdio.h>
#include "chl.h"
#include "alignement.h"

#define T(i,j)   t[((i) + 1)*(n + 1) + (j) +1]
#define Del(a)   1
#define Ins(a)   1
#define Sub(a,b) (a == b ? 0 : 3)


Alignement unAlignement(Mot x, Longueur m, Mot y, Longueur n, int *t) {
   int i, j;
   Alignement z;

   z = NULL;
   i = m - 1;
   j = n - 1;
   while (i != -1 && j != -1)
      if (T(i, j) == T(i - 1, j - 1) + Sub(x[i], y[j])) {
         z = ajouterAuDebutAlignement(z, x[i], y[j]);
         --i;
         --j;
      }
      else if (T(i, j) == T(i - 1, j) + Del(x[i])) {
         z = ajouterAuDebutAlignement(z, x[i], '-');
         --i;
      }
      else {
         z = ajouterAuDebutAlignement(z, '-', y[j]);
         --j;
      }
   while (i != -1) {
      z = ajouterAuDebutAlignement(z, x[i], '-');
      --i;
   }
   while (j != -1) {
      z = ajouterAuDebutAlignement(z, '-', y[j]);
      --j;
   }
   return(z);
}